Insieme alla produzione e al patrimonio documentario, la formazione è da sempre - come testimonia l’esempio emblematico che legò Padre Martini al giovane Mozart - uno dei pilastri fondamentali dell'Accademia Filarmonica, perché garantisce quella trasmissione delle competenze e quella condivisione delle conoscenze che appartengono agli obiettivi dell'istituzione fin dalle sue origini.
Da sempre finalizzata all'alto perfezionamento dei suoi allievi, l'Accademia promuove ogni anno corsi di approfondimento teorici e pratici. Fiore all'occhiello della sua proposta formativa è, da oltre dieci anni, il corso in alta composizione musicale con il quale sostiene la preparazione e la crescita dei nuovi compositori di oggi.
Dal 2019, inoltre, l'Accademia Filarmonica partecipa, in partnership con l’Università di Bologna-Dipartimento delle Arti e la Fondazione Scuola di Musica Carlo e Guglielmo Andreoli di Mirandola (MO), al Corso di alta formazione SOLO, rivolto a giovani musicisti solisti di talento.