Fondo antico
È suddiviso in Fondo antico 1 (FA1) e Fondo antico 2 (Fa2). Il FA2 è costituito principalmente dalla trattatistica musicale e dagli scritti sulla musica pre-1830.
Fondo esperimenti d'esame
È il fondo che conserva i compiti dei compositori, i manoscritti musicali autografi presentati per l'ammissione al titolo di Accademico Filarmonico. Tra il 1666 e il 1800 furono 260 i compositori aggregati.
Fondo Carteggio e documenti
Costituisce il più importante fondo archivistico dell'Accademia, e contiene tutta la documentazione, dalle origini secentesche fino a oggi, della storia musicale dell'Accademia Filarmonica.
Fondo Musica Sacra
Conserva i brani liturgici (Proprium e Ordinarium Missae) per le celebrazioni presso la chiesa di S. Giovanni in Monte a Bologna.
Fondo Lonati
Raccoglie oltre quattromila spartiti, prevalentemente per pianoforte, appartenuti al pianista e didatta milanese Carlo Lonati (1890-1955).
Fondo Masseangeli
Uno dei più noti collezionisti musicali italiani dell’Ottocento, Masseangelo Masseangeli (1809-1879), donò la sua importante collezione di autografi musicali all'Accademia che tuttora conserva la sua biblioteca consultabile nella sezione Cataloghi assieme al suo archivio personale e alla sua corrispondenza (digitalizzata integralmente e disponibile sul portale ArchIVI https://www.cittadegliarchivi.it/
Fondo Parisini
Federico Parisini (1825-1891), figura eminente di musicista e musicologo, presidente dell'Accademia nel 1861 e dal 1878 al 1890, pubblicò vari studi sulla storia della filarmonica e i suoi protagonisti. L’Accademia conserva la sua biblioteca, consultabile nella sezione Cataloghi e l’archivio personale (digitalizzato integralmente e disponibile sul portale ArchIVI) https://www.cittadegliarchivi.it/
La Biblioteca dell'Accademia conserva, inoltre, 600 tesi sostenute da laureandi del prof. Giuseppe Vecchi e del prof. Loris Azzaroni presso l'Università di Bologna e in altre sedi universitarie, e una collezione discografica in vinile o altri supporti storici di grande pregio, formata da circa 3000 unità.